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Marco De Paolis attualmente dirige la Procura generale militare presso la Corte militare di appello di Roma. Diede inizio nel 2002 alla grande stagione, conclusasi nel 2013, dei processi legati al rinvenimento nel 1994 del cosiddetto "armadio della vergogna", contenente 695 fascicoli occultati sulle stragi nazifasciste, che ha permesso di fare giustizia – sebbene a oltre 50 anni di distanza – sulle principali stragi perpetrate dai nazifascisti in Italia dopo l'armistizio.

Ha diretto la Procura militare della Repubblica di La Spezia dal 2002 al 2008, dove ha istruito oltre 450 procedimenti per crimini di guerra durante il secondo conflitto mondiale, e poi quella di Roma dal 2010 al 2018. È stato pubblico ministero in 17 processi, tra cui quelli per le stragi nazifasciste di Sant'Anna di Stazzema, Civitella Val di Chiana, Monte Sole-Marzabotto, e per l'eccidio di Cefalonia. È autore di numerosi saggi e pubblicazioni a carattere scientifico sul tema dei crimini di guerra e nel campo del diritto penale militare, tra cui: La difficile giustizia. I processi per crimini di guerra tedeschi in Italia (1943-2013), Viella 2016 (con P. Pezzino); Sant'Anna di Stazzema. Il processo, la storia, i documenti, Viella 2016 (con P. Pezzino); Cefalonia. Il processo, la storia, i documenti, Viella, 2017 (con I. Insolvibile).

In uno dei suoi volumi De Paolis sottolinea come la riscoperta dei fascicoli dopo un lungo periodo di inattività giudiziaria, sancì l'inizio di una nuova stagione processuale durata circa otto anni e rivelatasi poco produttiva: i processi celebrati furono soltanto cinque, mentre assai numerosi furono i decreti di archiviazione emessi per la morte del reo o perché gli autori dei fatti erano stati ritenuti ignoti. Poi nel 2002 avvenne la svolta, favorita da alcuni episodi verificatisi nell'arco di pochi giorni: l'11 aprile l'emittente tedesca ARD mandò in onda un servizio giornalistico che mostrava come molti criminali di guerra nazisti vivessero indisturbati in Germania, il programma suscitò scalpore nell'opinione pubblica tedesca e, naturalmente, in quella italiana che ne venne a conoscenza pochi giorni più tardi; il 17 aprile il presidente della Repubblica italiana Carlo Azeglio Ciampi accompagnò il presidente della Repubblica Federale di Germania, Johannes Rau, alla visita del Sacrario di Marzabotto in cui la massima autorità tedesca chiese perdono per i crimini compiuti durante il conflitto mondiale; il 20 aprile, infine, il procuratore capo della Procura di Stato di Monaco di Baviera, Manfred Vick, manifestò l'interesse del governo a collaborare con le autorità giudiziarie italiane. Ma se la giustizia si mise in moto fu soprattutto per merito della Procura militare di La Spezia e dell'intraprendenza dello stesso De Paolis che nell'aprile del 2002 vi aveva assunto la carica di procuratore militare. Da quel momento, furono più di ottanta i rinviati a giudizio e più di cinquanta le condanne all'ergastolo inflitte, la maggior parte di queste confermate nei successivi gradi di giudizio.