Contenuto: prevalentemente conchiglie di molluschi continentali (terrestri e dulciacquicoli)
Consistenza: ignota
Periodo Raccolta: dall’Ottocento alla Seconda Guerra Mondiale
Principali contributori: Giorgio Jan, Giuseppe De Cristoforis, Carlo Porro, Antonio e Gian Battista Villa
Area Geografica: tutto il mondo
Metodo di conservazione: a secco

Presente fin dalla nascita (1838) nel museo, il fondo malacologico fu completamente distrutto dall’incendio seguito al bombardamento del 1943. Del materiale marino si sa pochissimo; di alcune raccolte di molluschi continentali si hanno invece informazioni grazie ai cataloghi pubblicati dai loro autori.
Collezione Jan-De Cristoforis: primo nucleo del fondo museale, la raccolta comprendeva solo conchiglie continentali. Secondo un catalogo del 1832, vi erano rappresentate 437 specie di molluschi.
Collezione Porro: comprendeva qualche migliaio di conchiglie terrestri e dulciacquicole di 540 specie e 70 varietà, perlopiù raccolte dall'autore durante i suoi viaggi. Carlo Porro, amico di Jan e De Cristoforis, curò anche lo studio delle raccolte malacologiche del museo di cui pubblicò un catalogo ragionato nel 1846. 
Collezione Villa: frutto dell'attività dei fratelli Antonio e Gian Battista Villa, comprendeva, secondo un catalogo del 1841, conchiglie continentali appartenenti a 1.148 specie e a 216 varietà.